EVA（新世纪福音战士）中的三大组织包括：
1. SEELE：这是一个历史最为悠久的组织，其成立时间大约在死海文书外典被发现后不久，可能已经存在了1800年以上。SEELE的主要目标是实现人类补完计划。
2. NERV：这是一个由碇元渡领导的组织，主要研究使徒、第二次冲击、第三次冲击、人类补完计划的实现方法等内容。NERV的主要目标是利用EVA系列机器人对抗使徒。
3. 人类补完委员会：这是一个由碇元渡的妻子碇唯领导的组织，其成员包括冬月耕造、碇元渡、葛城美里等人。这个组织的目标是研究如何实现人类灵魂的补完。